Pavijoni i persekutimit komunist ka më shumë pamjen e një ekspozite, për arsye se Muzeu Historik Kombëtar, për të mbyllur ciklin e plotë të linjës së historisë dhe të kulturës sonë kombëtare, do të hapë pavijonin e periudhës 1945-1990. Ky pavijon do të ketë objekte, dokumente dhe fotografi të trashëguara nga pavijoni i mëparshën, i cili u mbyll në vitin 1992. Pavijoni i ri do të ngrihet mbi bazën e një konceptimi shkencor muzeologjik të parametrave bashkëkohorë.
Pavijoni i persekutimit komunist gjendet në katin e dytë të Muzeut Historik Kombëtar. Në pavijon paraqiten dokumente, fotografi dhe objekte historike që janë vendosur në linjën tematiko-kronologjike: 1945-1990. Në vitrinën e parë vizitorët njihen me dokumente origjinale, si vendime ekzekutimesh, lista të të dënuarve me vdekje, të burgosur politikë, komunikata të Gjykatës së Lartë Ushtarake e të tjera. Vendin kryesor e zënë Kryengritja e Postribës, si edhe gjyqet ndaj kundërshtarëve të regjimit komunist. Fushatë e egër persekutimi u zhvillua në procesin gjyqësor ndaj inxhinierëve dhe teknikëve të shkollës teknike amerikane në Tiranë. Interes paraqesin fotografitë kushtuar incidentit në ambasadën sovjetike dhe gjyqeve të zhvilluara ndaj deputetëve liberalë të parlamentit shqiptar.
Në pavijon është paraqitur edhe përndjekja politike ndaj shqiptarëve të Kosovës dhe Çamërisë. Në vitin 1967, Shqipëria u shpall zyrtarisht si i vetmi vend ateist në botë. Goditja dhe shkatërrimi i klerit është rast i veçantë në të gjithë Europën. Fushata ateiste u shoqërua me shkatërrimin e objekteve të kultit, që përbënin një pjesë të rëndësishme të trashëgimisë kulturore shqiptare. Pas këtij viti u mbyllën 740 xhami, 608 kisha e manastire dhe 530 teqe bektashiane.
Vizitorët do të gjejnë në pavijon një hartë, ku pasqyrohen burgjet, kampet me punë të detyruar, si edhe kampet e internimit në territorin e shtetit shqiptar. Në Shqipërinë e asaj kohe kishte spitale-burg dhe spitale psikiatrike, ku “kuroheshin” të akuzuarit politikë. Atmosfera brenda modelit të një qelie të asaj periudhe, pa dyshim krijon emocione te vizitorët. Më tej, me një titull metaforik “Diktatura ha bijtë e vet”, vizitori njihet me vrasjen e katër ministrave kryesorë të regjimit komunist Koçi Xoxe, Beqir Balluku, Mehmet Shehu (Kryeministër), Kadri Hazbiu, të cilët u akuzuan si “armiq të popullit”. Në vitrinën tjetër paraqitet vetizolimi i Shqipërisë dhe varfëria e shqiptarëve për shkak të atij izolimi (tollonat për ushqime, foto ku paraqiten radhë të gjata nëpër dyqane etj). Kjo gjendje e mjeruar e shqiptarëve solli reagimin e tyre ndaj sistemit dhe izolimit të vendit, çka u shpreh me anën e trakteve kundër regjimit komunist.
Vitrina tjetër paraqet personalitete të artit, të letërsisë dhe të kulturës, që u pushkatuan, u varën, u burgosën ose u internuan me akuza të ndryshme. Gjatë asaj periudhe u pushkatuan dhe u burgosën edhe dhjetëra gra dhe vajza. Në një vitrinë të veçantë janë ekspozuar mjetet e torturës ndaj të burgosurve.Në stenda të tjera pasqyrohet modeli stalinist në Shqipëri: vendet e ekzekutimeve dhe vrasjet e shqiptarëve në kufirin me shtetet fqinje. Në vitrinat e fundit të pavijonit paraqitet rënia e diktaturës komuniste.