Rilindjes Kombëtare Shqiptare i kushtohet një pavijon i veçantë në Muzeun Historik Kombëtar. Ai është një nga mjediset më tërheqëse për vizitorët. Ndodhet në katin e tretë të Muzeut. Objektet e shumta muzeore flasin qartë se shqiptarët hynë në periudhën e Rilindjes Kombëtare si një popull me tradita të shquara dhe me një individualitet të veçantë etnik. Objektet i përkasin periudhës nga mesi i shekullit XIX deri në vitet ’30 të shekullit XX. Rilindja Kombëtare Shqiptare qe një lëvizje e gjerë politike-kulturore, që synonte çlirimin dhe bashkimin e të gjitha tokave shqiptare në një shtet të vetëm e të pavarur, si edhe zhvillimin e gjuhës, të arsimit e të kulturës kombëtare. Ajo përfshin periudhën nga vitet 30-40 të shekullit XIX deri në vitin 1912, me shpalljen e Pavarësisë së Shqipërisë. Bartës të ideve të Rilindjes u bënë intelektualët dhe tregtarët shqiptarë, që jetonin dhe punonin në qytete të ndryshme të Europës. Faktor nxitës qenë platformat shoviniste të Greqisë dhe të Serbisë, që synonin të zmadhoheshin në dëm të trojeve shqiptare. Faktor i rëndësishëm qe zhvillimi i ekonomisë bujqësore dhe zejtarisë në qytetet kryesore shqiptare, i cili ndikoi në formimin e tregut kombëtar shqiptar.
Rilindësit e parë shqiptarë, si Naum Veqilharxhi, Jeronim de Rada, Kostandin Kristoforidhi, Zef Jubani etj. hartuan tekste shkollore, si edhe vepra shkencore e letrare. Me shkrimet e tyre, rilindësit e parë i dhanë rëndësi sidomos lëvrimit të gjuhës amtare mbi bazën e një alfabeti të përbashkët dhe përhapjes së shkollës shqipe. Në një prej vitrinave është ekspozuar “Evetari” i Naum Veqilharxhit, botuar në Rumani në vitin 1844, që është abetarja e parë në gjuhën shqipe. Në dhjetor 1877, u formua në Stamboll komiteti kombëtar me emrin “Komiteti Qendror për Mbrojtjen e të Drejtave të Kombësisë Shqiptare” (Komiteti i Stambollit). Kryetar i tij u zgjodh Abdyl Frashëri.
Tërësia e armëve të ekspozuara është monumenti emblematik kryesor kushtuar një prej ngjarjeve kryesore të historisë së shqiptarëve-Lidhjes Shqiptare të Prizrenit (1878-1881). Ideja e kompozimit të shqiponjës me armë i përket autorit Fisnik Sina. Kjo ngjarje historike pasqyrohet edhe përmes objekteve vetjake dhe dokumenteve të tjera. Traktati i Shën Stefanit i datës 3 mars 1878 shkaktoi një shqetësim të thellë dhe të përgjithshëm në Shqipëri. Në të vërtetë, Traktati i Shën Stefanit iu diktua Perandorisë Osmane të mundur; prandaj ai ishte krejtësisht në favor të Rusisë dhe të shteteve sllave të Ballkanit. Gati gjysma e tokave shqiptare u jepej shteteve sllave të Ballkanit.
Në këto rrethana u përhap në mbarë shqiptarët ideja për të formuar një lidhje të përgjithshme kombëtare, në të cilën të përfshiheshin të gjithë shqiptarët, pavarësisht nga krahina, feja dhe gjendja e tyre shoqërore. Më 10 qershor 1878 nisi punimet Kuvendi i Përgjithshëm në Prizren. Ai vendosi formimin e një lidhjeje me karakter politik dhe ushtarak. Kuvendi i Prizrenit vendosi të mos i jepej asnjë shteti të huaj asnjë pëllëmbë tokë nga atdheu i shqiptarëve. Kongresi i Berlinit (13 qershor – 13 korrik 1878) vendosi copëtimin e tokave shqiptare. Shqiptarët mbrojtën me heroizëm Plavën e Gucinë dhe Hotin e Grudën, por më 26 nëntor 1880, forcat osmane hynë në Ulqin dhe ua dorëzuan malazezëve. Në fillim të vitit 1881, u formua Qeveria e Përkohshme, në të cilën bënin pjesë Ymer Prizreni (kryetar), Shuaip Spahiu (nënkryetar), Abdyl Frashëri, Sulejman Vokshi etj. Objekt i rëndësishëm është xhamadani i Heroit të Popullit Mic Sokoli, i cili u vra në betejën e Slivovës (prill 1881) në luftë kundër trupave osmane.
Në fillim të vitit 1879, komisioni i ngritur nga Komiteti i Stambollit miratoi alfabetin e propozuar nga Sami Frashëri. Në tetor të vitit 1879 u mbajt një konferencë e patriotëve shqiptarë në Stamboll, e cila themeloi shoqërinë kulturore shqiptare me emrin “Shoqëria e të Shtypurit Shkronja Shqip”. Kryetar i saj u zgjodh Sami Frashëri. Më 7 mars 1887, nën drejtimin e Pandeli Sotirit, u hap në Korçë Mësonjëtorja kombëtare Shqipe. Ajo ishte shkollë fillore, me karakter kombëtar e laik, ku të gjitha mësimet jepeshin në gjuhën shqipe.
Meqenëse rreziku i copëtimit të tokave shqiptare po rritej dhe kërkesat për autonomi nuk po merreshin parasysh, rrethet patriotike shqiptare shtruan si detyrë krijimin e një organizate të re, si ajo e Lidhjes së Prizrenit, që të përfshinte të gjithë vendin dhe të vihej në krye të Lëvizjes Kombëtare. Më 23 janar 1899 u mblodh Kuvendi i Pejës, i cili shtroi si detyrë kryesore mbrojtjen e tokave shqiptare nga rreziku i copëtimit. Porta e Lartë e kuptoi rrezikun që mund t’i vinte nga një lëvizje e organizuar shqiptare (e cila kishte edhe program kombëtar) dhe mori masa të rrepta për shpërndarjen e Besëlidhjes. Në mars të vitit 1899, Sami Frashëri (1825-1904) botoi veprën “Shqipëria ç’ka qenë, ç’është e ç’do të bëhetë?” Në pavijon është ekspozuar skrivania (tryeza e punës) dhe koleksioni i librave të Sami Frashërit, një prej ideologëve më të shquar të Rilindjes Kombëtare Shqiptare.
Një rol të rëndësishëm luajtën shoqëritë e mërgimit e përgjithësisht, diaspora shqiptare. Në fillim të shek. XX u rrit numri i të mërguarve për arsye ekonomike dhe politike. Disa shoqëri kulturore e patriotike u formuan në Rumani, në Bullgari, në Rusi dhe në SHBA. Në nderim të kontributit kombëtar të këtyre shoqërive, është ekspozuar flamuri i shoqërisë patriotike “Dëshirë” të shqiptarëve të Sofjes në Bullgari. Flamuri i përket vitit 1904. Në forcimin e ndjenjës kombëtare, flamuri ishte simboli kombëtar që mblidhte rreth tij njerëzit e një kombi dhe “të gjithë ecnin prapa tij, si prapa një profeti”.
Menjëherë pas Revolucionit Xhonturk të vitit 1908, patriotët filluan të krijonin klube patriotike, të hapnin shkolla kombëtare dhe të botonin gazeta e libra në gjuhën shqipe, brenda dhe jashtë atdheut. Ndërmjet objekteve të ekspozuara në këtë pavijon është edhe flamuri i shoqërisë “Dëshirë” në Sofje, e themeluar më 1 janar të vitit 1893. Kongresi i Manastirit (14 nëntor 1908) vendosi miratimin e dy alfabeteve: alfabetin e Stambollit dhe alfabetin e shoqërisë “Bashkimi” të Shkodrës.
Me nismën e patriotit Bajo Topulli (në atë kohë, nëndrejtor i gjimnazit turk të Manastirit), në nëntor të vitit 1905 u formua në Manastir një komitet i fshehtë shqiptar. Ai mori emrin “Për lirinë e Shqipërisë”. Në të bënin pjesë Halit Bërzeshta, Gjergj Qiriazi, Fehim Zavalani, Nuçi Naçi etj. Qëllimi i komiteteve të fshehta ishte organizimi i lëvizjes çlirimtare dhe i luftës kundër ndërhyrjeve të huaja.
Menjëherë pas Revolucionit Xhonturk të vitit 1908, patriotët shqiptarë filluan të krijonin klube patriotike, të hapnin shkolla kombëtare dhe të botonin gazeta e libra në gjuhën shqipe, brenda dhe jashtë atdheut. Brenda disa muajve u ngritën dhjetëra klube e shkolla shqipe në të gjitha trevat shqiptare, që nga Kosova e deri në Çamëri. Më 14 nëntor 1908 hapi punimet Kongresi i Manastirit. Ndërmjet delegatëve ishin edhe patriotët e intelektualët e shquar Luigj Gurakuqi, Mid’hat Frashëri, Gjergj Fishta, Fehim Zavalani, Gjergj Qiriazi etj. Vendim kryesor i Kongresit qe miratimi i dy alfabeteve: i alfabetit të Stambollit dhe i alfabetit vetëm me shkronja latine. Nga viti 1909 e deri në vitin 1912, shqiptarët e Kosovës e të Malësisë së Madhe u ngritën në kryengritje të pandërprerë kundër sundimit osman. Më 23 qershor 1911, Kuvendi i Greçës miratoi një memorandum, i cili iu paraqit Portës Lartë dhe Fuqive të Mëdha. Memorandumi i Greçës përmbante 12 kërkesa, të tilla, si njohjen e kombit shqiptar, bashkimin e vilajeteve shqiptare, vendosjen e një administrate me nëpunës shqiptarë, lirinë e plotë për mësimin e gjuhës shqipe dhe për hapjen e shkollave kombëtare etj. Realizimi i këtyre kërkesave çonte në krijimin e një province autonome shqiptare.
Kryengritja më e madhe e shqiptarëve qe ajo e verës së vitit 1912. Me nismën e Hasan Prishtinës, më 21 maj 1912 u mblodh në Junik të Gjakovës një kuvend shqiptar. Pas disa ditësh, në Kuvend u lidh besa për një kryengritje të përgjithshme. Programi përmbante kërkesa për autonominë e Shqipërisë: njohjen e administratës shqiptare, ku të përdorej shqipja si gjuhë zyrtare; ngritjen e flamurit shqiptar në të gjithë vendin dhe garancinë e Fuqive të Mëdha për zbatimin e tyre. Pasi forcat kryengritëse shqiptare çliruan qytetin Ferizaj, në emër të shqiptarëve, Hasan Prishtina i paraqiti Portës së Lartë një memorandum me 14 kërkesa. Meqenëse kryengritësit shqiptarë nuk morën përgjigje nga Porta e Lartë, hynë në Shkup. Kërkesat kombëtare shqiptare nxitën shtetet ballkanike, që në tetor 1912, t’i shpallnin luftë Perandorisë Osmane, duke pushtuar trojet shqiptare. Patriotët Ismail Qemali, Hasan Prishtina, Luigj Gurakuqi e të tjerë shtruan para shqiptarëve idenë e mbrojtjes së viseve shqiptare nga rreziku i copëtimit.
Mbledhja e kolonisë shqiptare të Bukureshtit, e mbajtur më 5 nëntor 1912, nuk përcaktoi qartë nëse kërkohej autonomi apo pavarësi. Pas takimeve të delegacionit shqiptar me përfaqësues të lartë të shtetit austro-hungarez, Ismail Qemali deklaroi se pavarësia ishte siguruar. Më 28 nëntor 1912, Kuvendi Kombëtar i Vlorës vendosi Shpalljen e Pavarësisë së Shqipërisë dhe delegatët nënshkruan aktin historik të kësaj ngjarjeje të madhe kombëtare. Me vendimin e Kuvendit të Vlorës, kombi shqiptar fitoi të drejtën e tij për të qenë i lirë e i pavarur, krahas kombeve të tjera e popujve të tjerë të Europës. Në pavijon është e ekspozuar kopja e Aktit të Shpalljes së Pavarësisë dhe pena e përdorur nga delegatët shqiptarë për nënshkrimin e tij.